Mensen dragen een bacterieel ecosysteem met zich mee waarin zich in de loop van miljoenen jaren een synergie tussen mens en bacterie heeft ontwikkeld, tot beiderzijds nut. Het veld van de infectieziekten ondergaat een paradigma verschuiving naarmate het de rol van het microbioom beter wordt begrepen. Toenemend inzicht in de functie van het microbioom heeft geleid tot de identificatie van potentiële nieuwe preventieve en therapeutische strategieën. De vraag is echter wat alle nieuwe informatie over het microbioom uiteindelijk echt voor de kliniek gaat betekenen. In dit overzicht zal aandacht besteed worden aan recente ontwikkelingen op het snijvlak van infectieziekten en de darmflora.